[VK док] Правила для биологов.docx

Правила по морской биологии Задача морских биологов (МБ) состоит в поиске свойств живых существ полезных для производства плазмидов. МБ занимаются двумя вещами – (i) наблюдением за флорой и фауной в естественных условиях с помощью батискафа и (ii) экспериментальной проверкой гипотез в лаборатории. Объектом изучения МБ являются организмы, которые рассматриваются, как совокупности свойств. За каждое свойство отвечает определенная молекула-метаболит. Т.е. метаболиты в организме однозначно определяют свойства этих организмов (за некоторым исключением человека, где практически все люди имеют одинаковый геном). 1. Метаболиты Разберемся сначала, что такое метаболит. Метаболит – это материальный объект, определяющий те или иные свойства организма. Совокупность свойств организма определяются соответственно набором его метаболитов. 1.1 Строение метаболитов Каждый метаболит состоит из трех видов блоков : круги, треугольники и квадраты. Среди блоков метаболита выделяется один центральный, который рисуют большим и в центре блока ставят номер энергетического уровня (чем больше уровень метаболита, тем сильнее выражено соответствующее свойство). Остальные блоки называют малыми (Рис. 1). Рисунок 1. Строение метаболита У каждого из блоков есть определенное число связей которыми блок может соединяться с другими: у круга – 2, у треугольника – 3, у квадрата – 4 (Рис. 2). Во всех блоках связи нумеруются по часовой стрелке. У центрального блока связи нумеруются по стандарту (Рис. 2) и вращение центрального блока на рисунке не допускается. Например, у центрального квадрата 1-я связь рисуется только справа. У малых блоков 1-я связь – та, что находится ближе к центральному блоку. Другими словами – это та связь, которую нужно пройти последней, чтобы дойти от центрального блока, до малого. При этом можно заметить, что связь с разных концов часто пронумерована по-разному (Рис. 1). Рисунок 2. Нумерация связей центрального блока За функцию метаболита в организме отвечает основа метаболита. Основа определяется наличием и отсутствием малых блоков при связях центрального блока (Рис. 3). Учитываются именно блоки, а не группы блоков. Т.е. для определения функции не важно к связи присоединен блок «круг» или цепочка блоков «круг». Но, например, если у центрального блока «квадрат» из 4х связей только 3я занята блоком «круг», то у такого метаболита основа будет отличаться от той, где блоки «круг» стоят у 1 и 3 связи (Рис. 3). Рисунок 3. Основа метаболита 1.2 Превращения метаболитов. Метаболические системы Метаболиты не возникают в организме из ниоткуда, а образуются из немногочисленных метаболитов-предшественников, поступающих в организм извне. Таким образом, организм из потребляемой пищи выделяет начальные метаболиты и путем цепи превращений преобразует их в необходимые конечные метаболиты. Считается, что немодифицированный организм в норме потребляет все нужные ему метаболиты-предшественники. Такие цепи превращений называются метаболическими путями. Метаболический путь состоит из нескольких частей (Рис. 6): Входы, через которые метаболиты попадают внутрь организма. Если организм потребляет метаболит, для которого нет входа, то такой метаболит не усваивается. Реакции, которые по шагам определяют что происходит с метаболитом. Сами метаболиты. При этом, считается, что реакции проходят с бесконечными скоростями и моментально образуются конечные продукты метаболизма без накопления промежуточных. Рисунок 6. Метаболический путь (принципиальная схема) Физическое воплощение метаболического пути на основе генома называется системой, но об этом лучше знают генетики. 2. Гены и геном Реакции, происходящие с метаболитами определяют гены. 2.1 Виды генов Гены бывают двух типов: Транспортеры – определяют какие метаболиты могут подаваться на вход. Необходимо обратить внимание, что в клетку могут попадать только те вещества, для которых есть траспортеры. Ферменты – определяют превращения метаболитов. Все гены находятся в геноме – совокупности полей, ограничивающих максимальное количество генов в организме. Каждое поле кодирует один метаболический путь и называется метаболической системой (рис. 7). У человека, например, есть дыхательная система, сердечно-сосудистая и т.д. в зависимости от того какая медицинская система закодирована в метаболической. Метаболические системы можно выделять из организмов (см. п. 4.3). Рисунок 7. Метаболическая система. 3. Наблюдения 3.1 Наблюдение свойств организма Для получения информации об организмах требуются наблюдения и эксперименты. Наблюдения проводятся из батисферы. При обнаружении морского организма пилот батисферы может переключиться в режим наблюдения в котором можно производить наблюдения за организмом, находясь на определенном от него расстоянии (Рис. 8). Рисунок 8. Радиус наблюдения за морскими организмами. В этом режиме часть экрана занимают строки ячеек со свойствами организма, где каждая строка – это определенный метаболический путь, а ячейки показывают какие метаболиты образуются в данном пути (Рис. 9). Каждая ячейка отвечает за определенный метаболит в соответствии с приложением 1. Метаболиты у организмов могут быть либо более низкого уровня чем у человека, более высокого или такого же. Также отмечается есть ли у организма какое-либо необычное свойство. В ячейках не будут показаны метаболиты поддержания системы, которые не меняются между организмами, кроме АДАМа. В процессе наблюдения ячейки постепенно заполняются и в конце, если пилот продержался за организмом достаточно долго можно узнать полную совокупность его свойств. Рисунок 9. Ячейки свойств организма. 3.2 Наблюдение взаимодействия организма с внешней средой Хотя наблюдение за самим организмом дает представления о его свойствах, для создания полной картины необходимо понимать взаимодействия организма с окружающей средой. Наблюдение покажет: как организм размножается, что важно для проведения экспериментов; необычные свойства организма (биоэлектричество, биопирокинез, биокриогенез и детекция магнитных полей) Данный вид наблюдения также требует следования на определенном расстоянии за организмом. Модель наблюдения построена на прослеживании цепочки переходов между «словами». МБ в начале игры выдается лист, содержащий слова из 6 букв, разбросанные в случайном порядке (Рис. 10). Каждое слово состоит из приставки (2 буквы), корня (2 буквы) и окончания (2 буквы). При этом, двухбуквенные сочетания часто бывают как приставкой, так и окончанием. Для получения информации об организме необходимо набрать корни слов и вписать их в определенное окно. Как найти необходимые корни: При движении за организмом (внутри радиуса наблюдения) он оставляет за собой двухбуквенные сочетания. Эти сочетания являются окончаниями. Необходимо найти слово, в котором это сочетание будет окончанием и слово (или несколько слов) в котором сочетание будет приставкой. Запомнить эти слова. Следующее окончание будет относится к одному из найденных слов. Другие найденные слова окажутся тупиками. Повторить, пока не наберется последовательно 5 слов, включая самое первое и самое последнее (т.е. организм оставляет 4 сочетания; из примера на Рис. 10 сочетания: FE/MN/LC/PS). Из всех 5 слов по цепочке выписываются корни, начиная от первого. Пилот включает режим ввода слова, в котором предоставляется 30 секунд для ввода корней без пробелов (из примера на Рис. 10: KMGHGGNGNK). Если слово было введено правильно – сразу заполняются все ячейки свойств организма и выдается текстовая информация о размножении и необычных свойствах организма. Если неправильно – еще раз ввести слово можно будет через минуту. Режим ввода слова также доступен только изнутри радиуса наблюдения. Рисунок 10. Модель наблюдения за взаимодействием организма с внешней средой. После выхода из режима наблюдения организм считается пойманным. 4. Эксперимент Задача эксперимента – определить какой метаболит отвечает за какое свойство организма. МБ могут воздействовать на системы организма. Каждая система состоит из набора метаболитов. Взяв анализ системы можно посмотреть два параметра для каждого метаболита системы – его массу и изменение энергии. При этом, на животных, кроме человека, можно проводить эксперименты только в раннем возрасте. Поэтому для экспериментов над животными нужно сначала их размножить для получения молодняка. Все модели эксперимента строятся следующим образом: Берется молодое животное или человек. Тратятся ресурсы на работу оборудования (позднее их нужно будет сдать мастеру). Совершаются действия в соответствии модели эксперимента. Пишется протокол эксперимента. При экспериментах на людях очень желательно присутствие мастера. Мастером выдаются результаты эксперимента. 4.1 Размножение животных Животные размножаются в естественной для них среде. Для морских животных условия размножения (другие организмы, температура, давление или иные предметы) можно узнать из наблюдений (п. 2.2). При этом достаточно одного набора условий для размножения всех однотипных организмов в аквариуме или клетке, если не сказано иного. Размножаются только взрослые животные. Пример: Мы хотим размножить рака-отшельника. Для этого нам нужна вода с температурой 40°С, раковина и водоросль Цитомерия. У нас уже есть 3 рака отшельника. Заказываем у инженеров подогрев аквариума. Выставляем его на 40°. Кладем 1 раковину и 1 водоросль Цитомерию. В следующий цикл у каждого рака-отшельника появляется по раченку. Для мышей – достаточно посадить самку с самцом в темную клетку при условии достаточного количества еды в 1 протеина на пару (иначе кто ж будет заводить детей в голодные годы). Стоит учесть, что некоторые условия размножения расходуются (например протеин и рыбу размножающиеся животные могут съесть). Размножение людей за время игры не происходит. 4.1.1 Циклы размножения Размножение на игре подчинено 3-хчасовым циклам. В конце каждого цикла при выполнении условий размножения у животных появляется единица (1 шт.) молодняка на каждое способное к размножению животное. Да, можно собрать ... (показаны первые 10000 символов)